Nach dem Westfälischen Frieden lebten die Streitigkeiten zwischen Ritterstift und Bischof erneut auf. Der Stiftsdekan Johann Adam von Flaxland bestritt seinem Oberhirten das Recht auf eine kirchliche Visitation, weil das Stift reichsunmittelbar sei. Eine Entscheidung zugunsten des Bischofs und der Pfarrei fiel erst 1753 durch Urteile des Kaisers und des Papstes; sie hat sich teilweise auch deswegen hinausgezogen, weil das Bistum erneut in die Kriege verwickelt wurde.
Der Westfälische Frieden hatte Frankreich das Besatzungsrecht in Philippsburg eingeräumt, und jetzt trachtete Ludwig XIV. danach, das ganze linke Rheinufer der französischen Krone anzugliedern. In den sich entwickelnden Kämpfen, vor allem im Niederländischen und Pfälzischen Krieg, wurde Bruchsal gründlich von den Franzosen zerstört. 1676 wurde die Stadt zum ersten Male niedergebrannt, darunter "die schöne Stiftskirche mit dem Turm, der Orgel, den Glocken und Uhren, wie auch mit allem, was die armen Leute darein geflüchtet." Nur 16 Häuser in der Stadt und 20 in den Vorstädten blieben verschont.
Im nächsten Jahr brannte ein französisches Streifkorps den Hoheneggerhof nieder. 1681 versah man die Kirche und den Turm mit Notdächern, 1683 hielten zwei Jesuitenpatres eine Visitation hier ab. Nach ihrem Bericht bot die Liebfrauenkirche einen "traurigen Anblick. Der früher so reich geschmückte Innenraum lag öde und ausgebrannt".
1689 wurde Bruchsal erneut von den Franzosen eingenommen. "Am Dienstag, 9. August 1689, ist die französische Armee unter General Duras von Heidelberg her vor die Stadt gerückt und hat Mittwoch zu Mittag mit zwei großen Kanonen und anderem Geschütz, welche sie auf dem Steinsberg (Reserve) und dem Kirchbrücklein (große Brücke) gepflanzt gehabt, die Stadt anfangen zu beschießen, wodurch die Gewölbe der Stiftskirche eingestürzt sind. Durch dieses Unglück sind auch die nach dem vormaligen französischen Brand mit so großen Kosten wieder hergestellte Stiftskirche und andere Stiftsgebäude (gemeint sind die Wohnungen der Stiftsherren) in Rauch aufgegangen."
Auch das letzte noch unversehrte Gebäude Bruchsals, das Kapuzinerkloster mit gotisierender, 1672 von Mathias von Burgund erbauter Kirche, wurde ein Jahr später eingeäschert, als die Bruchsaler Bevölkerung eine Wallfahrt auf den Michaelsberg machte.
Das Jahr 1690 bedeutete einen Tiefpunkt in der Geschichte Bruchsals, das Ende der mittelalterlichen Stadt. Es standen nur noch ein paar elende Hütten, die Bevölkerung war auf 400 Personen gesunken, ein Bericht der Stadt spricht von 3500 Seelen, die "seithero beerdigt worden". Einen ungefähren Eindruck vom Aussehen der Stadt mit der Stiftskirche vermittelt eine Zeichnung Simon Schmalkalders, Fouriers im kaiserlichen Heer, aus dem Jahre 1689 kurz vor der totalen zweiten Zerstörung. Die Stadtkirche ist hier mit Notdächern versehen, die gotische Maßwerkgalerie des Turmes ist noch vorhanden.
Nach den Verheerungen einer fast hundertjährigen Kriegsepoche ging der Wiederaufbau der Stadt mit ihrer Kirche nur sehr langsam vonstatten. Die Gemeinde war arm geworden, selbst die Weinberge waren verdorben. 1690 kam dazu noch eine Seuche, das "große Sterben", wie sie damals im Gefolge der Kriege immer auftrat. Da auch der Pfarrer dem Sterben erlegen war, wurde der Pfarrgottesdienst bis 1699 in der städtischen Spitalkirche von einem Kapuzinerpater abgehalten. Erst 1699 berichtet der neuernannte Pfarrer von Bruchsal, Rohrmoser, dass die Liebfrauenkirche wieder an Sonn- und Feiertagen von der Gemeinde benutzt werden durfte. So erklärt sich die Tatsache, dass neun Jahre lang die Spitalkirche der Pfarrei diente. Es war in dieser Zeit, als die Bürgerschaft sich erst allmählich durch Zuzug, teilweise durch Einwanderung aus der Schweiz und Oberitalien, ergänzte, für die adeligen Stiftsherren ein leichtes, ihre Ansprüche auf die Liebfrauenkirche auszudehnen. Ihre Grundmauern waren trotz der "großen Brunst" noch vorhanden.
Sie konnte alsbald nach dem Brand wieder eingedeckt werden. Erst mit dem Regierungsantritt des Bischofs Heinrich Hartard von Rollingen (1711 bis 1719), der zugleich Propst des Stiftes Odenheim war, "einer der klügsten, erfahrensten und gelehrtesten Staatsmänner", kam in die Verwaltung des Speyrer Bistums ein frischer Wind; bei ihm hatte auch der einfachste Mann Zutritt. Er ließ 1716/17 Chor und Langhaus wieder einwölben und mit guten Dächern versehen. Die Kosten übernahm das Ritterstift Odenheim gemäß den Vereinbarungen von 1507. Die Arbeiten im Langhaus waren 1723 vollendet. Auffallend für die Wiederherstellungsarbeiten ist es, dass sie unter Anlehnung an die gotische Bauweise durchgeführt wurden. Der Turmhelm, der 1676 und 1689 weggebrannt war, wurde indessen im Zeitgeschmack des beginnenden 18. Jahrhunderts mit einer welschen, kräftig ausgebogenen Haube mit Laterne und Aufsatz versehen, wahrscheinlich im Jahre 1718.


